焦磷酸(16s)测序服务

产品简介:

焦磷酸测序技术(pyrosequencing)是由Nyren等人于1987年发展起来的一种新型的酶联级联测序技术,焦磷酸测序法适于对已知的短序列的测序分析,其可重复性和精确性能与SangerDNA测序法相媲美,而速度却大大的提高。焦磷酸测序技术产品具备同时对大量样品进行测序分析的能力,为大通量、低成本、适时、快速、直观地进行单核苷酸多态性(single nucle—otide potymorphisms,SNPs)研究和临床检验提供了非常理想的技术操作平台。该技术进行改进后可以满足上百个核苷酸序列的测序工作, 这样该技术又可以满足对重要微生物的鉴定与分型,特定DNA片段的突变检测和克隆鉴定等方面的应用。



应用案例:

使用16S rDNA测序鉴定人肠道菌群组成


Nam Y-D, Jung M-J, Roh SW, Kim M-S, Bae J-W. (2011) Comparative Analysis of Korean Human Gut Microbiota by Barcoded Pyrosequencing. PLoS ONE 6(7): e22109.


本研究中,作者使用16S rDNA测序对来自20例韩国人肠道菌群组成进行鉴定。下图为20例韩国人肠道细菌的表达丰度分析。




测序对样品的要求:

用户须提供足够量的基因组DNA样品,一般需200ng/样品/位点

样品 要求

DNA ≥5ug

浓度 ≥50ng/ul

纯度 OD260/280=1.8~2.0;无蛋白及RNA污染



生物信息学分析:


基本生物信息分析

   按标准流程进行base calling、raw data数据整理及数据质量评估。

   根据MID区分并整理不同样品的序列;

   物种组成分析(与RDP、Silva、GreenGene等数据库比对);

   alpha及beta多样性统计(软件Mothur、QIIME等);

   群落组成与理化参数之间的相关性分析(ABT、MRT等)。

高级生物信息分析

   根据客户的具体研究进行的个性化分析。


相关信息分析结果效果图展示


                 Alpha多样性稀疏分析图





优势物种属

样本间物种属丰度热图

物种共丰度(co-abundance)网络



已有发表的相关文献:

Direct identification of Mycobacterium abscessus through 16S rDNA sequence analysis and a citrate utilization test: A case report.

Zou Z, Liu Y, Zhu B, Zeng P.

Exp Ther Med. 2014 Jul;8(1):115-117. Epub 2014 May 12.

IF:0.344

 

Profiling of the bacteria responsible for pyogenic liver abscess by 16S rRNA gene pyrosequencing.

Song YG, Shim SG, Kim KM, Lee DH, Kim DS, Choi SH, Song JY, Kang HL, Baik SC, Lee WK, Cho MJ, Rhee KH.

J Microbiol. 2014 Jun;52(6):504-9. doi: 10.1007/s12275-014-4241-7. Epub 2014 May 29.

IF:1.276

 

[The use of 16S rDNA sequencing in species diversity analysis for sputum of patients with ventilator-associated pneumonia].

Yang X, Wang X, Liang Z, Zhang X, Wang Y, Wang Z.

Zhonghua Wei Zhong Bing Ji Jiu Yi Xue. 2014 May;26(5):294-9. doi: 10.3760/cma.j.issn.2095-4352.2014.05.002. Chinese.

 

Influence of DNA extraction on oral microbial profiles obtained via 16S rRNA gene sequencing.

Abusleme L, Hong BY, Dupuy AK, Strausbaugh LD, Diaz PI.

J Oral Microbiol. 2014 Apr 23;6. doi: 10.3402/jom.v6.23990. eCollection 2014.

IF:2.214

Strengths and limitations of 16S rRNA gene amplicon sequencing in revealing temporal microbial community dynamics.

Poretsky R, Rodriguez-R LM, Luo C, Tsementzi D, Konstantinidis KT.

PLoS One. 2014 Apr 8;9(4):e93827. doi: 10.1371/journal.pone.0093827. eCollection 2014.

IF:3.06